关于本能寺之变在日本有多种说法，但个人以为“四国说”+“阴谋论”最有依据，
长宗我部元亲家与光秀手下最得力的战将利三有着婚姻关系，这只是其一；
在长宗家取四国之地时，信长是默许的，但后来信长为了一统天下，要求明智光秀去交涉要回四国土地，长宗家当然不愿意，打是我打下来的，当时你们也是同意的，现在你们要，不给！
历史发展到这个阶段冲突在所难免，长宗家挡了织田统一的路口，其实就算四国给了，信长也不会放过他，最终要终一天下的，而那时的趋势也缺实如此，织田强大到甚至有传言说他在思考取代天皇！明智光秀是信长的手下，信长最得力的战将，于是派他去绞灭长宗家，有日本历史学家从考古角度发现，明智光秀一直以来在为三方势力周旋，甚至疲于奔命，此事另其大为不快，当然也说传言说，织田对光秀的消极态度还以颜色，我见过一个虚拟场景就是光智跪着劝说不要攻打长宗，信长一脚将他踢翻。这无疑会转换为对抗，内部分裂。才最终导致了本能寺之变。

本能寺之变的过程如下：
明智一万三千大军出发，有人认为明智受信长的命令，去杀信长的义弟三河之王（指家康）”。其实当时家康已经去往了堺，而并不在京都。
进至桂川时，光秀终于下达了详细的命令：“都去掉马蹄上包裹的东西，士卒脱掉草鞋，换上足半，铁炮手把火绳切成一尺五寸长，并将两端都点燃。随时准备战斗！”渡过桂川后，他鼓舞士兵说：“从今日起，光秀殿下即将成为天下人，即便如提鞋的低贱之辈亦当欢欣踊跃，竭尽忠勇。吾辈士卒有两处目标（指信长下榻的本能寺，和信忠下榻的妙觉寺），树立武勋便在今日。有什么愿望现在尽可以说出来。有兄弟子嗣之人自不必担心无人继承家业，无兄弟子嗣之辈尽可从自己的亲属中选出关系亲近者继承家业。众人封赏之高下，全系尽忠之深浅！”然后一指远方：“前进，敌在本能寺！”
明智叛军把本能寺包围得水泄不通。当时跟随在织田信长身边的，只有小姓数十人。据说信长最初猜测道：“是城介有异心吗？”城介指的是秋田城介，也即其长男织田信忠，信忠近在咫尺，信长大概是想到了老丈人斋藤道三的往事，以为亲儿子想要夺权篡位吧。由此可见，他对光秀谋叛，是毫无心理准备的。很快，织田信长本人出现在明智兵卒面前，他与最后的亲信森力丸、森坊丸、小河爱平、高桥虎松、针阿弥等人共同奋战，最后负伤退入内室。不久以后，内室燃起熊熊的火光，一代霸主就在烈火中灰飞烟灭，时年四十九岁。
但接下来羽柴秀吉打着明智光秀背叛的旗号，将其灭杀，据本能寺之变才短短三日时间。